Estragon wird vor allem in der französischen Küche verwendet, einzeln oder in der Mischung "Fines Herbes", die aus Schnittlauch, Kerbel, Petersilie und Estragon besteht.
Er ist ein wichtiger Bestandteil der Sauce béarnaise, einer cremigen weißen Soße mit Weißwein und Butter.
Estragon wird außerdem zum Würzen von Fleischmarinaden und Soßen zu hellem Fisch verwendet. Er passt gut zu Gemüsegerichten, vor allem Kohlrabi und Bohnen. Salatdressings, Essige, Senf und Kräuterbutter können mit Estragon verfeinert werden.
Estragon entfaltet beim Garen ein sehr intensives Aroma und sollte deshalb sparsam dosiert werden.